「あたりまえだろー!」と言われそうですが、電話照会で咄嗟に回答できず調べてしまいました。
不動産登記法(平成16年法律第123号)の施行に伴う登記事務の取扱い
《添付書面(登記原因証書・申請書副本)》
1 登記義務者の権利に関する登記済証の取扱い
(1) 法附則第6条の指定がされるまでの間において、法附則第6条第3項の規定により読み替えて適用される法第22条ただし書に規定する「登記済証を提出することができないことにつき正当な理由がある場合」について
(2) 登記義務者の権利に関する登記済証とする旧法第60条第2項の規定により登記済みの手続がされた保証書については、第6条指定がされるまでの間、従来の取扱い(昭和39年5月13日付け民事甲第1717号通達)と同様とする。
2 登記権利者に交付する登記済証の取扱い
(1) 第6条指定がされるまでの間において、規則附則第15条第3項の規定により登記権利者に交付する登記済証は、同条第2項の書面に旧法第60条第1項及び旧準則第70条から第74条までの規定により作成するものとする。
(2) 申請人があらかじめ登記済証の交付を希望しない旨の申出をしたとき又は規則附則第15条第2項に規定する書面を提出しなかったときは、登記済証を作成することを要しない(同条第4項第1号、第4号)。
3 登記義務者に還付する登記済証等の取扱い
(1) 第6条指定がされるまでの間において、登記済証(2の登記済証を除く。)の作成は、なお従前の例によるとされている(規則附則第15条第6項前段)ので、規則附則第15条第2項の規定により提出された書面又は登記義務者の登記済証を利用して旧法第60条第2項及び旧準則第70条から第74条までの規定により作成した登記済証を交付すれば足り、登記完了証を交付することを要しない。
(2) 法附則第6条第3項の規定により読み替えて適用される法第22条の規定により提出すべき登記済証を提出しないで申請があった場合において、登記義務者に還付する登記済証の作成のために規則附則第15条第2項の書面の提出があったときは、同書面を旧法第60条第2項に規定する保証書とみなして(規則附則第15条第6項後段)、登記義務者に還付する登記済証を作成する。
(平17.2.25、民二第457号民事局長通達・登研686号344頁)

と、通達が出ていましたが、
登記義務者の権利に関する登記済証とする旧不動産登記法60条2項の規定により登記済みの手続がされた保証書の取扱い(登研695号)
《添付書面(登記済証)》《添付書面(登記識別情報)》
 ○要旨 登記義務者の権利に関する登記済証とする旧不動産登記法60条2項の規定により登記済みの手続がされた保証書については、不動産登記法附則6条による指定がされた後に、従来の取扱い(昭和39年5月13日付け民事甲第1717号民事局長通達)が可能である。
 ▽問 平成16年法律第123号による改正前の不動産登記法(明治32年法律第24号)60条2項の規定により登記済みの手続がされた保証書については、不動産登記法(平成16年法律第123号。以下「新法」という。)附則6条1項の指定がされるまでの間に、同条3項の規定により読み替えて適用される新法22条の規定により登記義務者の権利に関する登記済証を提出しなければならない所有権に関する登記以外の権利に関する登記の申請をする場合において、これを提出することができないときは、その登記済証に代えて登記義務者の権利に関する登記済証として取り扱うことができるとする従来の取扱い(昭和39年5月13日付け民事甲第1717号民事局長通達)が認められている(平成17年2月25日付け法務省民二第457号民事局長通達第一の3(3))ところ、新法附則6条1項の指定がされた後に、新法22条の規定により登記識別情報を提供しなければならない所有権に関する登記以外の権利に関する登記を申請する場合において登記識別情報(新法附則7条の規定により登記識別情報とみなされる登記済証を含む。)を提出することができないときについても、新法附則7条の趣旨から、登記義務者の権利に関する登記識別情報に代えて前記の保証書を提出する取扱いが認められるものと考えますが、いかがでしょうか。
 ◇答 便宜、御意見のとおり取り扱って差し支えないと考えます。

と、実例(質疑応答)が出ております。
ご参考まで。