以前購入した日本加除出版から刊行されている「Q&A不動産登記オンライン申請の実務−特例方式−」(日本司法書士会連合会 編)。

この中のQ18に
改製不適合物件をオンライン申請してもよいか。
と言う内容が有ります。

これに対するAは
改製不適合物件をオンライン申請の対象外とする規則・通達等は見当たらないものの,現実的には対応困難が予想されるので,申請にあたっては申請先登記所とも十分に打ち合わせた上で行うべきである。
となっています。

最初に読んだときに思ったんですが、なんで「出来ません」と言う回答にしなかったんでしょうか?

そもそも、オンライン申請の前提として、登記簿がコンピューター化されている必要が有るわけですよね。
とすれば、改製不適合物件はいわゆる事故簿の物件ですから対象になるわけがないんです。

物件検索も出来ないし、やたことないので分かりませんが、手入力で物件を打ち込んでも対象物件が無いので却下になるんではないでしょうか?

経験がある方も多いとは思いますが、改製不適合物件に関しては前述のとおりコンピューター化されていませんから、登記識別情報通知書や登記完了証も発行されず、未だに登記済証が発行されます

おそらく、登記所との打ち合わせ段階で「オンライン申請は止めてくれ」と言われていたとは思いますけどね。

そんなわけで、登記研究第738号(平成21年8月号)の質疑応答
〔要旨〕いわゆる改製不適合物件は、オンライン申請の対象とはならない。
と出ましたので、ご注意下さい。