標記の件に関しまして、下記のとおりの見解が出ました。
なお、原文はnsr2に掲載されておりますので、必ずご確認下さい。

日司連常発第27号
平成21年9月25日
司法書士会会長 殿
日本司法書士会連合会
常務理事 ○ ○ ○ ○

租税特別措置法第84条の5適用時における計算方法について(お知らせ)

時下ますますご清祥のこととお慶び申し上げます。
標記の件につきましては、平成21年3月24日日司連発第2283号にて通知しておりますが、下記のとおり誤記がありましたので、お詫びして訂正いたします。
つきましては、別添のとおり「Q116」を再送付いたしますので、貴会会員にご周知くださるようお願いいたします。
           記
【誤】
イ 8,997,000円×1.5÷1000 → 13,495円
  13,495円×0.1 → 1,349.5円
  13,495円−1,349.5円 → 12,145.5円
  100円未満を切り捨てて → 12,100円
【正】
イ 8,997,000円×1.5÷1000 → 13,495.5
  13,495.5円×0.1 → 1,349.55
  13,495.5円 − 1,349.55円 → 12,145.95
  100円未満を切り捨てて → 12,100円

Q116
租税特別措置法第72条の2の適用がある建物の所有権保存登記をオンラインで申請する場合の登録免許税の計算方法は、ア、イの何れになりますか。
課税標準価額 8,997,000円
ア 8,997,000円×1.5÷1000 → 13,495.5円
  100円未満を切り捨てて → 13,400円
  13,400円×0.9 → 12,060円
  100円未満を切り捨てて → 12,000円
イ 8,997,000円×1.5÷1000 → 13,495.5円
  13,495.5円×0.1 → 1,349.55円
  13,495.5円−1,349.55円 → 12,145.95円
  100円未満を切り捨てて → 12,100円

計算方法は「イ」になります。(参考資料:株式会社テイハン発行 登記研究第725号 平成20年7月号 145頁〜150頁)
なお、上記計算方法について「国税通則法基本通達 第119条関係 国税の確定金額の端数計算等」の6の適用の有無につき法務省に照会したところ、「国税当局に確認した結果、事例の場合には、基本通達を適用する場面ではないとする意見であった。したがって、計算例としては、イによることで差し支えない。」との回答を得ていることを申し添えます。
(参考)
○国税通則法基本通達
http://www.nta.go.jp/shiraberu/zeiho-kaishaku/tsutatsu/kihon/tsusoku/00.htm
第119 条関係 国税の確定金額の端数計算等
(国税の確定金額を算出する過程における算出額の端数計算)
6 国税の確定金額を算出する過程におけるその算出額に、1 円未満の端数があるときは、その端数金額を切り捨てるものとする。
http://www.nta.go.jp/shiraberu/zeiho-kaishaku/tsutatsu/kihon/tsusoku/09/01/119.htm#a-06
○登記研究No.725(平成20年7月号)